Wissenschaftler aus Seattle graben gelöschte genetische Coronavirus-Daten aus und bereichern die Debatte über den Ursprung der Covids

Ein amerikanischer Wissenschaftler hat ein neues Gefecht über die Ursprung des Coronavirus , berichtet, dass er potenziell signifikante genetische Daten über SARS-CoV-2 abgerufen hat, die in einem digitalen Archiv der National Institutes of Health gespeichert und später gelöscht wurden.

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Jesse Bloom, Computerbiologe am Fred Hutchinson Cancer Research Center in Seattle, veröffentlichte seine Ergebnisse auf dem Preprint-Server bioRxiv, wo seit Beginn der Pandemie noch nicht begutachtete oder in einer Zeitschrift veröffentlichte Arbeiten zu Tausenden landen.

Die wissenschaftliche Bedeutung von Blooms Forschung blieb am Mittwoch unklar, aber sie löste unter Wissenschaftlern, die über die Flut von Theorien über den anfänglichen Ausbruch des Coronavirus diskutiert haben, eine sofortige positive und negative Online-Reaktion aus.

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Ich erkenne, dass dies ein heißes Thema ist, sagte Bloom in einem Interview mit der Klinik. Es ist keine sehr traditionelle wissenschaftliche Studie, aber immerhin enthält sie einige neue Daten und neue Informationen.

Bloom, der die Daten über Google Cloud abgerufen hat, behauptet nicht, dass sie die eine oder andere Theorie voranbringen, aber er behauptet, dass sie Beweise dafür untermauert, dass das Virus in Wuhan zirkulierte. China, vor einem Ausbruch von Covid-19 im Dezember, der durch das Virus verursachten Krankheit, die mit einem Markt für lebende Tiere in Verbindung gebracht wurde.

Unstrittig ist, dass Rohdaten aus einer Datenbank des NIH gelöscht wurden. Verarbeitete Formulare derselben Daten wurden in ein Preprint-Papier chinesischer Wissenschaftler aufgenommen, das im März 2020 veröffentlicht wurde. veröffentlicht Juni in der Zeitschrift Small.

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Das NIH veröffentlichte am Mittwoch eine Erklärung, in der es heißt, dass ein Forscher, der die genetischen Sequenzen ursprünglich veröffentlicht hatte, darum bat, sie aus der NIH-Datenbank zu entfernen, damit sie in eine andere Datenbank aufgenommen werden könnten. Die Behörde sagte, es sei gängige Praxis, Daten auf Anfrage zu entfernen. Die NIH-Erklärung identifizierte nicht den Wissenschaftler, der beantragt hatte, das Material aus dem Sequenzlesearchiv der Behörde, bekannt als SRA, zu entfernen.

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Diese SARS-CoV-2-Sequenzen wurden im März 2020 zur Veröffentlichung in SRA eingereicht und anschließend vom einreichenden Ermittler im Juni 2020 um Rücknahme gebeten. Der Antragsteller gab an, dass die Sequenzinformationen aktualisiert wurden, an eine andere Datenbank übermittelt würden und wollte Daten aus SRA entfernt, um Versionskontrollprobleme zu vermeiden, sagte NIH.

In der Erklärung heißt es, dass NIH nicht über die Absichten des Einreichers hinaus spekulieren kann.

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Blooms Papier räumt ein, dass es gutartige Gründe gibt, warum Forscher Daten aus einer öffentlichen Datenbank löschen möchten.

Die von Bloom zitierten Daten sind nicht die einzigen, die von NIH während der Pandemie entfernt wurden. Die Agentur antwortete auf eine Anfrage von The Post, dass die National Library of Medicine seit Beginn der Pandemie bisher acht Fälle identifiziert habe, in denen Forscher ihre Einreichungen an die Bibliothek zurückgezogen hatten – die von Bloom abgerufenen Daten, die ursprünglich aus China eingereicht wurden, und der Rest von Einsendern überwiegend in den USA

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Bloom sagte in einer E-Mail an The Post, dass er NIH kein Fehlverhalten vorwerfe. Blooms Online-Papier weist jedoch darauf hin, dass die Löschung von Daten gegen wissenschaftliche Normen und den für die Wissenschaft wesentlichen Vertrauenskodex verstößt. Auf Twitter , sagte Bloom, die Daten seien auch aus einer chinesischen Datenbank entnommen worden.

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Die Folge des Entfernens der Sequenzen war sicherlich, ihre Existenz zu verschleiern, sagte Bloom in dem Interview gegenüber The Post.

Im Preprint schrieb er, dass die aktuelle Studie nahelegt, dass zumindest in einem Fall die vertrauensvollen Strukturen der Wissenschaft missbraucht wurden, um Sequenzen zu verschleiern, die für die frühe Verbreitung von SARS-CoV-2 in Wuhan relevant sind.

Bemühungen von The Post, den leitenden Autor der Sequenzierung zu erreichen Papier waren erfolglos.

Robert F. Garry, ein Virologe der Tulane University, der ein einflussreiches Papier vom März 2020 mitgeschrieben hat, in dem es heißt, SARS-CoV-2 sei ein natürlicher Virus und nicht manipuliert, wandte sich gegen das neue Bloom-Papier. Zu seinen Kritikpunkten: Die Eckdaten der China-Studie, eine Liste von Mutationen, die in den Virussequenzen gesehen wurden, blieben Forschern in einem Anhang zugänglich. Er sagte, Bloom habe die gleichen Mutationen gefunden.

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Jesse Bloom habe genau nichts Neues gefunden, was nicht schon Teil der wissenschaftlichen Literatur sei, schrieb Garry in einer E-Mail. Er nannte das Bloom-Papier aufrührerisch.

Benjamin Neuman, Virologe an der Texas A&M University, stimmte zu, dass die Daten zu Mutationen öffentlich blieben. Neuman sagte, er habe Blooms Ziel verstanden – die rohen Genomsequenzen zu verwenden, um einen sogenannten phylogenetischen Baum von SARS-CoV-2 zu konstruieren. Ein solches Diagramm würde zeigen, wie und wann sich das Virus entwickelt und in verschiedene Abstammungslinien zersplittert.

Die Frage ist, was eine angemessene Veröffentlichung ausmacht. sagte Neuman in einer E-Mail. Haben Sie Zugriff auf die Daten, die wir über [die Zeitung aus China] haben, oder Zugriff auf die Daten in Ihrer bevorzugten Form, die Bloom herausgefunden hat? Es sind genau die gleichen Daten in verfeinerter vs. roher Form.

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Bloom ist die Debatte über die Herkunft des Virus nicht fremd. Er war der Hauptautor von a Buchstabe gegenüber der Zeitschrift Science, die von weiteren 17 prominenten Wissenschaftlern unterzeichnet wurde und letzten Monat eine Untersuchung der Weltgesundheitsorganisation zu den Ursprüngen des Virus kritisierte. Der Brief forderte eine eingehendere Untersuchung der Laborleckhypothese, die behauptet, dass das Coronavirus – versehentlich oder absichtlich – möglicherweise aus einem Labor in Wuhan geschlüpft ist.

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Der Mikrobiologe David A. Relman von der Stanford University, ein weiterer Organisator dieses Briefes, sagte über Blooms Ergebnisse: Es zeigt, wie wichtig es ist, dass frühe Daten gesucht, aufbewahrt und geteilt werden, um die evolutionären Pfade und Ursprünge von Viren abzuleiten, da frühe Daten immer zunächst spärlich und da Analysen daher so sensibel auf bestimmte Daten reagieren, die zufällig verfügbar sind.

Bloom behauptet in seinem Artikel nicht, dass die von ihm abgerufenen Daten das Argument für ein Laborleck oder eine natürliche Zoonose stützen.

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Diese Studie liefert in keiner Weise Beweise, sagte Bloom in einer E-Mail. Aber es deutet darauf hin, dass wir wahrscheinlich noch nicht alle relevanten Daten ausgeschöpft haben.

Er fügte hinzu, ich denke, als Wissenschaftler müssen wir uns wirklich auf die folgenden zwei Fragen konzentrieren: Wie können wir mehr Daten erhalten? Wie können wir die uns vorliegenden Daten besser analysieren?

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Bloom sagte, dass die gelöschten Sequenzen, die er wiedergefunden hat, eine Vorstellung bestärken, die durch frühere Analysen gestützt wird, einschließlich einer Schlussfolgerung aus der Anfang dieses Jahres von der WHO einberufenen Untersuchung der Ursprünge des Virus: Das Virus infizierte wahrscheinlich Menschen vor dem Ausbruch auf dem Huanan Seafood Market im Dezember 2019. Dieses Ausbreitungsereignis war zwar groß, aber nicht unbedingt das erste Vorkommen von SARS-CoV-2 beim Menschen.

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Nachdem Bloom auf aus dem NIH-Archiv entfernte Sequenzen aufmerksam wurde, überprüfte er den Google Cloud-Speicher, in dem normalerweise auch Dateien vorhanden sind.

Ich habe gerade angefangen, Probennummern einzugeben, sagte er, und es kamen Dateien in der Google Cloud. Rohsequenzierungsdaten aus dem Cloud-Speicher ermöglichten es ihm, Teilsequenzen von einem Dutzend Viren zu Beginn der Pandemie zu rekonstruieren.

Bloom sei der alleinige Autor dieses Preprints, sagte er, weil er keinen Studenten oder Postdoktoranden in seinem Labor bitten wollte, zu einem Bericht zu einem so brisanten Thema beizutragen. Er sagte, er habe das Papier mit dem NIH und anderen Forschern geteilt, bevor er es online gestellt habe.

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Ich bin vorsichtig optimistisch, dass dies nicht die letzte Information ist, die in alternativen Repositorien oder ergänzenden Materialien obskurer Papiere zu Beginn der Pandemie zu finden ist, sagte Bloom.

W. Ian Lipkin, ein Epidemiologe der Columbia University, sagte per E-Mail, dass Blooms Papier Beweise für das liefert, was viele von uns spekulierten – dass das Virus vor dem Marktausbruch zirkulierte. Das Zurückziehen von Sequenzdaten ist beispiellos und muss angegangen werden.

Der Evolutionsbiologe Joel Wertheim von der University of California in San Diego, der die Entstehung des Virus in der Provinz Hubei untersucht hat, sagte: Ich glaube nicht, dass diese Studie viel zur Ursprungsdebatte beiträgt.

Die von Bloom analysierten Sequenzen zeigen größere Ähnlichkeiten mit Coronavirus-Verwandten bei Fledermäusen im Vergleich zu dem Virus, das viele Menschen auf dem Fischmarkt infiziert hat. Den Forschern waren jedoch bereits zwei genetische Abstammungslinien des Coronavirus bekannt, die sich im Januar und Februar 2020 in Wuhan ausbreiteten, sagte Wertheim, und diese Genomfragmente belegen diesen Punkt weiter.

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Am Mittwoch tauchten auf Twitter Spekulationen auf, dass Blooms Ergebnisse die Zeitachse des Auftretens des Virus verändern könnten, aber Wertheim sagte, dies sei zweifelhaft: Ich bin nicht überzeugt, dass dieses Papier ein starkes Argument dafür ist, unsere Schätzungen der molekularen Uhr zu ändern, da ähnliche – vollständigere – Daten waren in früheren Studien enthalten.

Präsident Biden hat Geheimdienste angewiesen, eine Überprüfung von Informationen durchzuführen, die Aufschluss über die Ursprünge des Virus geben könnten. Im Interview mit Yahoo Nachrichten Am Dienstag veröffentlicht, sagte Avril Haines, Direktor des Nationalen Geheimdienstes, dass die endgültige Antwort möglicherweise nie gefunden wird.

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Wir hoffen, eine rauchende Waffe zu finden, sagte Haines, aber das ist eine Herausforderung. Sie fügte hinzu: Es könnte passieren, aber es könnte nicht sein.

Haines sagte, dass die Teams versuchten, neue Informationen zu sammeln, zusätzlich zu einem neuen Blick auf bereits gesammelte Informationen.

Shane Harris und Sarah Kaplan haben zu diesem Bericht beigetragen.